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胡萝卜作为根菜作物，有着和其他根菜作物一样的生理及病虫害通病。同时也有一些特有的生理障碍和病虫害。
胡萝卜裂根
肉部分（韧皮部）的扩大跟不上核心部分（木部分）的扩大。当根系初期生长不良，组织老化时，发生在收获前迅速膨大的环境中。
解决对策
选择保水、排水良好的田地，大量施用有机质，改善土壤物理性状。追肥应尽早进行，避免在生长后期突然施肥。
胡萝卜叉根
土壤块、大量未成熟的有机物和化肥直接留在主根下时，线虫可以侵入主根并造成气害，便会发生上述病害。
解决对策
整地深耕。播种前1-2个月施用堆肥等有机物，充分分解。轮作绿肥作物改良土壤效果显著。
胡萝卜青首
根茎部露出地面肩部暴露在光线下时，会产生叶绿素并变成绿色。
解决对策
及时覆土或者选择对光线不是很敏感的品种。
凤蝶
绿色和黑色条纹相间，食用胡萝卜叶片的害虫;
凤蝶一年发生2-4次，主要在春秋两季。除了胡萝卜，凤蝶还会危害伞形花科中的芹菜，三叶草等。在大规模的基地里，与其他害虫相比，危害较小；
每年3月份提前喷施阿维菌素苯甲酸酯（1.0%）等杀虫剂；
蚜虫
吸汁型害虫。体长1-3毫米，黄绿色到深褐色，以黄绿色居多；
喜欢寄生在植物的芽苗上，尤其是叶尖的生长点。危害方法是将毒刺插入幼枝的顶端、茎、根等处吸汁。同时会产生排泄物，诱发烟尘病，使叶片和树枝变黑，造成叶片卷曲等损害，并传播病毒性疾病。蚜虫的天敌很多，如七星瓢虫，草蛉；
多发生在4-11月，尤其是4-6月和9-10月。
线虫
危害植物根部生长的害虫，对胡萝卜等根菜类作物危害巨大。会导致根茎开裂、褐变等商业价值显着下降。线虫幼虫会咬入作物根部并破坏传输管道，会导致根部受损并降低代谢活力，抑制了根系的生长和富集，不能进行足够的养分吸收。使得作物的整体生长，产量和品质变差。此外，被线虫危害的植物还会出现白天萎蔫、叶片变黄等症状，并发多种植物病害。可采用轮作、化学药剂彻底消杀等方法；
